Ce fut egalement la periode d'epanouissement philosophique de Zwingli. Au gre d'echanges de lettres et d'un reseau d'amities, il entra dans le cercle intellectuel très agissant des humanistes suisses qui voyaient leur maitre spirituel inconteste en Didier Erasme de Rotterdam etabli a Bale. La doctrine humaniste, l'analyse fructueuse des enseignements et des ecrits de Luther, l'experience personnelle douloureuse du fleau de la peste, dont il eut le bonheur de rechapper, firent de Zwingli un reformateur resolu. L'originalite de Zwingli provient principalement de son attitude a l'egard de la puissance temporelle. Selon Luther, chacun doit se soumettre a ce pouvoir, incontestablement pour ainsi dire, car celui-ci est voulu par Dieu et n'entre pas en ligne de compte, au surplus, dans le salut de l'ame humaine. A l'oppose, Zwingli souligna, dans un premier stade, l'autonomie inconditionnelle de toute communaute ecclesiastique face au pouvoir de l'Etat. Avec plus de fermete que Luther, il assigna des devoirs moraux aux pouvoirs publics. Ceux-ci devaient s'efforcer de calquer leurs lois le mieux possible sur la justice divine. En outre, ils devaient eduquer et proteger.

Cette caracteristique de la doctrine de Zwingli fut le germe d'une gestion republicaine tolerante, axee sur la morale et sur la crainte de Dieu, gouvernement dont devaient s'acquitter les autorites. En quelques annees, il rompit les liens qui unissaient Zurich a l'Eglise romaine. Puis son attention se tourna vers la propagation et la sauvegarde de la Reforme sur sol confedere. Son influence theologique sur les cantons-villes acquis a la Reforme fut predominante mais ses visees politiques - reorganisation de la Confederation sous l'egide du protestantisme - se heurtèrent a une resistance passive, notamment de la part de la puissance bernoise. Une oeuvre imperissable subsiste, cependant, c'est le protestantisme de Zwingli, croyance empreinte de morale resolue, bien que depouillee, mode confessionnel typique de la Suisse alemanique reformee.